FUNDACJA OCHRONY WIELKICH JEZIOR MAZURSKICH została utworzona pod koniec 1990 roku, a jej założycielami było kilka samorządowców lokalnych, ówcześni wojewodowie- suwalski i olsztyński oraz kilku zapaleńców. Obecnie działa w imieniu i na rzecz 31 gmin mazurskich stanowiących obszar 5400 km2 i od lat z powodzeniem realizuje swoje cele statutowe, którymi m.in. są:

– inicjowanie i wspomaganie działań na rzecz ochrony regionu Wielkich Jezior Mazurskich,

– stymulowanie inicjatyw proekologicznych i tworzenie warunków dla zwiększenia ich skuteczności,

– promowanie budowy oczyszczalni ścieków i innych rozwiązań uniemożliwiających degradację środowiska,

– tworzenie warunków organizacyjnych i materialnych dla wdrażania nowych rozwiązań w dziedzinie ochrony    środowiska,

– propagowanie idei ochrony środowiska i uwzględnienie praw ekologii w rozwoju regionu i kraju.

W ciągu 22 lat działalności Fundacja w  Giżycku zainicjowała i przyczyniła się do realizacji wielu cennych przedsięwzięć inwestycyjnych, głównie w gospodarce wodno- ściekowej, w wyniku których obecnie 2/3 mieszkańców regionu WJM jest obsługiwanych przez nowoczesne oczyszczalnie ścieków. W ramach Programu Masterplan dla Regionu WJM, którego Fundacja jest koordynatorem, zostało w latach 1993-2005 wykonanych bądź zmodernizowanych 23 oczyszczalni ścieków, wykonano ponad 1500 przepompowni ścieków, położono ponad 350 km sieci kanalizacyjnych. Obecnie , po zaktualizowaniu Masterplanu, działania inwestycyjne kontynuowane są w ramach Programu Operacyjnego Infrastruktura Środowiska oraz Regionalnego Programu Operacyjnego „Warmia i Mazury” na lata 2007-2013″.

Fundacja działa na rzecz wprowadzania właściwej dla środowiska gospodarki odpadowej, a także popiera projekty mające na celu ochronę powietrza i zastosowanie alternatywnych źródeł energii. Od lat jest regionalnym koordynatorem wielu akcji i kampanii ekologicznych, pobudza do aktywności dzieci, młodzież i osoby dorosłe.

Prowadzi wieloletnie działania na rzecz ochrony flory i fauny Mazur inicjując m.in. tworzenie ścieżek przyrodniczo- edukacyjnych. Wspiera merytorycznie i finansowo wszelkie projekty ekologiczne realizowane przez placówki oświatowe regionu i małe lokalne organizacje pozarządowe.

Chlubą Fundacji jest powołane do życia 12 lat temu Mazurskie Centrum Edukacji Ekologicznej.Głównym celem Centrum jest prowadzenie i wspieranie na obszarach działania Fundacji przedsięwzięć z zakresu edukacji ekologicznej i aplikacja pomocy finansowej udzielanej na te cele przez podmioty lokalne oraz ponadlokalne. Cele te realizowane  są przez zajęcia dydaktyczne – seminaria, wykłady, konferencje, szkolenia, kampanie i cykliczne akcje na rzecz środowiska lokalnego, konkursy o tematyce ekologicznej, prowadzenie i wzbogacanie zasobów bibliotek ekologicznych, współpracę z lokalnymi i regionalnymi mediami oraz udzielanie pomocy finansowej podmiotom (głównie placówkom oświatowym) z obszaru działania Centrum na programy i projekty z zakresu edukacji ekologicznej.

Fundacja ma też swoją nagrodę – Nagrodę „Zielonego Kaganka. Jest to nagroda za wyjątkowe osiągnięcia w dziedzinie edukacji ekologicznej oraz za systematyczna pracę z dziećmi, młodzieżą  i dorosłymi na rzecz zrównoważonego rozwoju Warmii i Mazur. Dotychczas „Zielonym Kagankiem” nagrodzono 37 osób i 2 instytucje.

Za swoją działalność Fundacja Ochrony Wielkich Jezior Mazurskich otrzymała liczne nagrody i wyróżnienia, m.in w roku 2005 otrzymała tytuł i statuetkę Ekolidera Warmii i Mazur, w 2007 roku Wyróżnienie Specjalne Ministra Środowiska oraz Brązową i Srebrną Statuetkę „Przyjaciela Ziemi” za wspieranie Programu Ekozespołów, w 2008 roku – Medal im. Wiktora Godlewskiego, w 2009 roku – statuetkę Srebrnego Jabłuszka, zaś w roku 2010 – statuetkę Anioła Ekologii. W roku 2011 Fundacja otrzymała z rą Ministra Środowiska statuetkę i tytuł „Lidera Polskiej Ekologii”, zaś w 2012 otrzymała odznaczenie „Laur Najlepszym z Najlepszych” przyznane przez Marszałka Województwa Warmińsko – Mazurskiego. W 2013 roku Fundację wyróżniono w kategorii Organizacje pozarządowe/Edukacja ekologiczna jako instytucję która szczególnie zaangażowała się na przestrzeni minionych lat w ochronę środowiska Warmii i Mazur.