W ramach swojej bieżącej działalności, Fundacja Ochrony Wielkich Jezior Mazurskich prowadzi od roku 2000, Mazurskie Centrum Edukacji Ekologicznej, którego celem jest podejmowanie inicjatyw proekologicznych, podnoszenie wiedzy i świadomości ekologicznej. Działania w tej sferze, rozwijane są przy stosowaniu różnorodnych form edukacyjnych i organizacyjnych, ukierunkowane przede wszystkim na wzbogaceniu wiedzy z zakresu ochrony środowiska dzieci i młodzieży, mieszkańców i odwiedzających nas gości.
W ramach Fundacji działa również Biblioteka ze zbiorami w zakresie edukacji ekologicznej i ochrony przyrody.